Au XIX^e siècle, l’on constate une inflation des anathèmes pontificaux contre la franc-maçonnerie qui devient galopante avec Pie IX (dix textes entre 1846 et 1878) et Léon XIII (sept textes entre 1878 et 1903), pour culminer en 1884 avec la célèbre encyclique Humanum genus qui appelait les catholiques du monde entier à « démasquer la franc-maçonnerie ».

Au départ, au XVIII^e siècle, la franc-maçonnerie était une société d’agrément sans visée philosophique spéciale, ses membres en France étant tous chrétiens. Ensuite, au siècle suivant, le libéralisme, le positivisme et le scientisme triomphants firent sentir leur influence sans partage jusque dans les loges françaises. Et cela d’autant plus facilement que les interdits pontificaux avaient fini par vider complètement ces dernières de leurs membres catholiques. Républicains et libres-penseurs s’y retrouvèrent donc entre eux et, par conséquent, chez eux. Au nom de la liberté et du progrès, les rituels furent remaniés et les thèmes politiques et anticléricaux firent leur apparition dans les ordres du jour des loges. Mouvement philanthropique et philosophique dans ses buts, la maçonnerie française devint dans les faits une organisation de combat anticléricale. 
La défaite de Napoléon III en 1870 entraîna la chute du Second Empire. La III^e  République fut proclamée. Les monarchistes qui la dominèrent tout d’abord furent battus par les républicains à toutes les élections les unes après les autres. Après la démission du président Mac-Mahon en 1879 et son remplacement par Jules Grévy, les républicains détinrent tous les leviers du pouvoir. Avec leurs alliés francs-maçons ils engagèrent sans tarder une lutte sans merci contre l’Eglise catholique.

I. Le heurt des convictions (1879-1914)
Les protagonistes
L’Eglise de France disposait encore de trois solides ancrages au début de la III^e  République : des bastions intacts de catholicité (aussi bien géographiques que sociaux et familiaux), l’adhésion d’une confortable majorité de la population féminine (qui se voyait toutefois privée du droit de vote) et un clergé abondant et solidement formé totalisant près de 220 000 membres. En vertu du Concordat de 1801, le clergé était rétribué par l’Etat et bénéficiait d’une influence sur les institutions et la vie publique qui dépassait largement son rôle purement religieux. Nombreux se comptaient parmi les gens d’Eglise et leurs fidèles les tenants d’une restauration monarchique.

En face, les obédiences maçonniques, toutes composés d’ardents républicains, tombaient d’accord pour faire disparaître l’influence de l’Eglise catholique de la sphère publique, c’est-à-dire d’instituer une république laïque. Globalement, la franc-maçonnerie française comptait à cette époque 25 000 membres, dont 20 0000 pour le Grand Orient de France
Alors, David contre Goliath ? Effectivement, réduite à ses seules forces, la franc-maçonnerie n’aurait pu passer à l’offensive. Mais, depuis l’arrivée au pouvoir des républicains en 1879, les francs-maçons disposaient d’alliés de poids. La franc-maçonnerie s’occupa alors beaucoup de politique afin de faire prévaloir ses idées anticléricales.

La proximité des francs-maçons avec le pouvoir républicain
Tous les cabinets ministériels comportèrent des francs-maçons en nombre très important. Ces ministres francs-maçons représentaient d’après mes calculs en moyenne 42% du personnel gouvernemental. L’année 1901 vit la naissance, à Paris, du Parti républicain radical et radical-socialiste. A une exception près, l’équipe organisatrice était entièrement composée de francs-maçons. Cent cinquante loges étaient représentées, soit près du tiers des ateliers alors en activité. Considérant le rôle prépondérant joué par les francs-maçons dans ces assises, il n’est pas étonnant de trouver une grande ressemblance entre le programme mis au point par les radicaux et les vœux adoptés par les convents des obédiences maçonniques. Manifestement, il y avait osmose, même si les hommes politiques francs-maçons n’étaient pas tous radicaux.

L’offensive anticléricale
Soutenu à fond par la franc-maçonnerie, le pouvoir anticlérical en place s’attaqua avec vigueur à l’omniprésence de l’Eglise dans les institutions et l’espace public. De leur côté, les catholiques pesèrent de toute leur force pour tenter de conserver à l’Eglise ses prérogatives temporelles et son influence sur l’éducation de la jeunesse. Loi après loi, décret après décret, la laïcité publique fut installée au cours de la décennie 1881-1890. En 1901, la loi sur les associations fut promulguée. Ce texte donnait la liberté aux associations tout en la refusant aux congrégations. Avec l’arrivée du radical et franc-maçon Emile Combes aux affaires en 1902, commença l’application de la loi. Les congrégations furent presque toutes supprimées et les congréganistes réduits à l’exil ou à la sécularisation. Les obédiences maçonniques réclamaient la séparation des Eglises et de l’Etat depuis longtemps. La loi de séparation fut finalement votée en 1905. Les biens immobiliers et mobiliers de l’Eglise furent tous confisqués. Comme pour les lois précédentes, le pape Pie X fit porter par la franc-maçonnerie la responsabilité de la séparation.

L’antimaçonnisme catholique
Des ligues antimaçonniques furent créées, des revues furent lancées. L’Association Antimaçonnique de France et son organe emblématique La Franc-Maçonnerie démasquée sont les plus célèbres. Au moyen de tracts, affiches et conférences, furent divulgués auprès du public rituels, catéchismes, constitutions et règlements, mots de semestre, circulaires, travaux des convents, noms des francs-maçons, tout était jeté en pâture à la curiosité du public. En 1904, à l’instigation de des antimaçons, éclata l’Affaire des Fiches. L’Association Antimaçonnique de France dévoila en 1908 dans le Répertoire maçonnique l’identité de 30 000 francs-maçons français avec mention pour chacun de sa profession et de son adresse.
Au total, de 1879 à 1914, politiquement minoritaires, les catholiques ne furent pas en mesure de s’opposer à la déferlante qui lamina l’influence de leur Eglise sur la société française. De plus, la calamiteuse Affaire Taxil avait ajouté le ridicule à leurs difficultés et discrédité l’antimaçonnisme catholique. A l’inverse, la franc-maçonnerie, en quelque sorte le laboratoire à idées du régime en place, vit se concrétiser ses idéaux. En 1914, les deux France paraissaient irréconciliables. Survint la Grande Guerre.

II. Le relatif apaisement (1919-1940)
La persistance d’un antimaçonnisme catholique
Pendant la Guerre de 1914-1918, catholiques et francs-maçons s’étaient retrouvés au coude à coude dans les tranchées. Sous la mitraille, ils avaient appris à vivre et à mourir ensemble. Après le conflit, les relations entre les autorités françaises et l’Eglise se normalisèrent. Après quarante ans de domination sans partage de la gauche sur les institutions de la République, la droite parlementaire était revenue aux affaires en 1919. L’ascendant que la franc-maçonnerie faisait précédemment sentir sur le pouvoir avait cessé d’aller de soi. 
L’antimaçonnisme catholique ne désarma cependant pas, mais il changea son axe d’attaque. M^gr Ernest Jouin apparenta dans sa Revue Internationale des Sociétés Secrètes les juifs aux francs-maçons sous le vocable de « judéomaçonnisme ». Il signifiait de cette façon que la vision d’une alliance de circonstance entre francs-maçons et juifs, telle qu’on avait pu la concevoir avant le conflit était remplacée par le concept d’un dessein politique rigoureux, pour la réalisation duquel les juifs exerçaient leur emprise sur la franc-maçonnerie. Le lien était ainsi établi entre des formes de pensée antimaçonniques et antisémites selon le modèle du XIX^e siècle et l’antijudéo-maçonnisme propre au XX^e siècle.

Les évolutions dans la franc-maçonnerie
En 1933, le scandale politico-financier auquel était lié Alexandre Stavisky donna lieu à un regain d'hostilité à l'égard de la franc-maçonnerie et des juifs. Fils de parents juifs immigrés de Russie, ce repris de justice avait développé ses activités illicites dans un milieu d’hommes d’affaires qui presque tous étaient francs-maçons. L’Affaire Stavisky eut pour conséquence une crise politique qui culmina dans les émeutes antiparlementaires du 6 février 1934. Ces évènements ébranlèrent le régime républicain et firent trembler la franc-maçonnerie, qui s’en voulait la gardienne sourcilleuse.
A la Grande Loge de France, le Conseil Fédéral décida de convoquer un convent extraordinaire afin d’obtenir tous pouvoirs pour épurer l’obédience de ses membres indésirables. Le nombre des radiations s’éleva à 637, et celui des démissions provoquées à 705. 
Au Grand Orient de France, le malaise était également perceptible. Le Conseil de l’Ordre prononça une cinquantaine d’exclusions. Etaient du nombre d’anciens ministres et des députés. De hautes personnalités comme le professeur Charles Richet et l’influent journaliste Léo Abel Gaboriaud quittèrent l’obédience. Le docteur Camille Savoire, grand commandeur du Grand Collège des Rites, et d’autres dignitaires comme André Lebey, René Wibaux, Aimé Machon et Raymond Corbin, donnèrent à leur démission en 1935 un tour plus spiritualiste. C’est ainsi qu’en 1935 fut créé le Grand Prieuré des Gaules, organisme recteur du Rite Ecossais Rectifié. Dans la nouvelle obédience, les discussions politiques, sociales et religieuses étaient proscrites. C’était un retour à l’ancienne tradition maçonnique de neutralité. C’était aussi et surtout une réaction contre les implications de la maçonnerie française dans les problèmes de la cité.

La franc-maçonnerie, l’Eglise et les totalitarismes
Toutefois un fait nouveau vint brouiller l’image traditionnelle du conflit frontal opposant depuis des lustres franc-maçonnerie et Eglise. La maçonnerie était à présent attaquée par d’autres forces. La Russie soviétique avait prohibé la franc-maçonnerie. La Hongrie, l’Italie, le Portugal, l’Allemagne, l’Espagne firent de même.

L’inquiétude engendrée par la montée de l’antimaçonnisme d’Etat en Europe gagna le puissant Rite Ecossais Ancien et Accepté aux Etats-Unis. Le souverain grand commandeur de la juridiction Nord des Etats-Unis, Melvin Maynard Johnson, décida de porter la défense de la franc-maçonnerie à l’ordre du jour de la Conférence Internationale des Suprêmes Conseils, qui devait se tenir en  juin 1935 à Bruxelles. Trois questions furent au cœur des travaux : « Quelles sont les véritables raisons de l’hostilité de certains gouvernements et partis politiques ? Quels sont les griefs, réels ou imaginaires, articulés contre la Franc-Maçonerie ? La Maçonnerie a-t-elle commis des fautes ou des indiscrétions qui ont favorisé l’action de l’adversaire ? ». Cette importante réunion marquait ainsi un changement d’état d’esprit par rapport aux récriminations, à la pratique de la victimisation et au coup du dédain, jusqu’alors réponses habituelles des francs-maçons aux agressions dont ils faisaient l’objet.    
Pour sa part, l’Eglise catholique était aux prises en Italie, et encore plus en Allemagne, avec un pouvoir totalitaire qui s’employait activement à marginaliser son influence dans la société. Le pape Pie XI s’était montré tout d’abord conciliant avec Mussolini et avait signé avec lui les Accords du Latran en 1929. Pie XI en vint ensuite à considérer le fascisme comme une moderne idolâtrie, qu’il dénonça en 1931 dans son encyclique Non abbiamo bisogno[1]. Il en fut de même avec l’Allemagne nazie. Un concordat fut signé en 1933, mais très rapidement les relations entre Berlin et le Vatican se tendirent. En 1937 parurent presque simultanément deux encycliques. Divini Redemptoris condamnait le communisme, que Pie XI qualifiait d’intrinsèquement pervers. Mit brennender Sorge[2] portait condamnation du nazisme et de ses théories raciales, de son système de déification de l’État, de mécanisation de la personne humaine et d’endoctrinement de la jeunesse.

L’apparition d’un état d’esprit nouveau
En face des dangers que les extrémismes de droite comme de gauche faisaient courir à la fois à la franc-maçonnerie et à l’Eglise catholique, quelques francs-maçons hauts gradés se prirent à penser à la possibilité d’un rapprochement entre les deux grandes institutions. Albert Lantoine, dignitaire du Suprême Conseil de France, était du nombre. En 1936-1937, dans ses articles de la revue Le Symbolisme, puis dans un ouvrage intitulé Lettre ouverte au Souverain Pontife préfacé par Oswald Wirth, il fit savoir que le temps était venu pour la franc-maçonnerie et l’Eglise de mettre fin à leur querelle séculaire  de façon à faire face aux totalitarismes de tous bords. Encore plus significatif, le Suprême Conseil de France jugea nécessaire, en 1938, d’affirmer solennellement les principes de non-ingérence politique du Rite Ecossais Ancien et Accepté. Dans la foulée, la Grande Loge de France fit sienne cette déclaration.

Les observateurs catholiques se réjouirent de la fracture qui venait de se produire dans la franc-maçonnerie française. Pour eux,  il se serait agi d’une nouvelle phase de la lutte qui opposait les maçons spiritualistes, attachés à la tradition, aux maçons rationalistes, épris de progrès. Réduits au statut de minoritaires depuis les débuts de la III^e République, les premiers l’emportaient au Suprême Conseil, d’où ils étendaient leur influence sur une Grande Loge ravie de redécouvrir les vertus incarnées par ses hauts grades. Au Grand Collège des Rites, au contraire, ils avaient dû prendre la porte et se regrouper sous les auspices du Grand Prieuré des Gaules.

De leur côté, certains catholiques pensèrent que le moment était venu d’une réconciliation de l’Eglise et de la franc-maçonnerie. Le jésuite Joseph Berteloot était de ceux-là. Spécialiste des questions maçonniques dans son Ordre, il était en relation avec Lantoine. Il accueillit la proposition de ce dernier avec sympathie, mais la Seconde Guerre mondiale interrompit ce processus de rapprochement.

En conclusion, la période 1879-1914 est une séquence de relations conflictuelles très dures entre l’Eglise et la franc-maçonnerie. L’une croyait servir Dieu, l’autre la République, et toutes les deux la France. Les francs-maçons sont omniprésents dans les allées d’un pouvoir qui a fait de l’anticléricalisme sa priorité. La période 1919-1940 est le temps des relations tendues mais apaisées. L’Eglise a accepté les lois républicaines. L’Etat a assoupli ses positions. Les liens entre Etat et franc-maçonnerie se sont distendus, en rapport avec la baisse d’audience des radicaux. Des dissensions apparaissent dans la franc-maçonnerie : GL vs GO suite à l’Affaire Stavisky et au Front Populaire  La Guerre de 1914-1918 marque en ce domaine comme dans tant d’autres une rupture ; elle signe la fin de la Belle Epoque et des positions figées. Après la Seconde Guerre mondiale, le dialogue entre la franc-maçonnerie et l’Eglise catholique devait reprendre et s’amplifier dans un climat plus serein. A défaut de se reconnaître, les protagonistes d’un conflit devenu sans objet pouvaient apprendre à mieux se connaître. « Il ne s’agit ni d’affirmer ni de nier, mais de comprendre. » Cet aphorisme de Spinoza trouvait dans cette situation nouvelle une singulière résonance.

Le travail de cette réunion était présenté par le professeur Michel Jarrige